Hace 12 años, el accidente Daybreak Town cambió el mundo y trajo una nueva prosperidad hacia la inteligencia artificial. Pero, ¿y si eso fuera a cambiar todo? Sougo Tokiwa renunció a su conquista por el poder después de que eligió restablecer el mundo y vivir una vida mundana. Sin embargo, cuando Time Jacker comenzó a alterar la historia una vez más, Sougo se ve obligado a asumir el manto como Kamen Rider Zi-O una vez más, cuando se encuentra con Aruto Hiden, el Rider nativo del mundo que tiene que salvar. Esta es la historia de dos Kamen Riders de dos mundos diferentes, cuya lucha juntos finalmente determinará el destino de toda la realidad.

Manji es un samurai altamente cualificado que ha sido maldecido con la inmortalidad después de una batalla legendaria. Asombrado por el brutal asesinato de su hermana, Manji sabe que sólo la lucha contra el mal recobrará su alma. Es por esto que promete ayudar a una joven llamada Rin a vengar a sus padres, quienes fueron asesinados por un grupo de maestros espadachines liderados por el despiadado guerrero Anotsu. Una misión que cambiará a Manji de maneras que nunca podría imaginar...